Über die Vergabe des Preises entscheidet eine unabhängige Jury aus drei Mitgliedern, die vom Rat der Stiftung berufen wird. Der Jury gehören Persönlichkeiten an, die über eine Expertise des Berliner Literaturbetriebs verfügen; jeweils eine Literaturkritikerin oder ein Literaturkritiker und eine Verlegerin oder ein Verleger sind Teil der Jury. Darüber hinaus ist eine Autorin oder ein Autor oder eine Übersetzerin oder ein Übersetzer Teil der Jury.

Der Vorstand der Stiftung Preußische Seehandlung, die Senatsverwaltung für kulturelle Angelegenheiten, das Literarische Colloquium Berlin, das Literaturhaus Berlin, das Literaturforum im Brecht-Haus, das Haus für Poesie, LesArt, das Netzwerk freie Literaturszene Berlin (NflB), die Berliner Literarische Aktion, die Akademie der Künste und weitere Berliner Literaturinstitutionen haben das Recht, der Jury geeignete Personen oder geeignete Gruppen für die Auszeichnung mit der Rahel Varnhagen von Ense-Medaille vorzuschlagen.

Die Namen der mit der Rahel Varnhagen von Ense-Medaille ausgezeichneten Persönlichkeiten, Gruppen oder Institutionen werden von der Stiftung Preußische Seehandlung und von der Senatsverwaltung für kulturelle Angelegenheiten der Öffentlichkeit bekannt gegeben.